Outre les services départementaux d’archives dirigés par des conservateurs d'Etat, la région comprend 60 services d'archives municipaux organisés de façon professionnelle. La répartition géographique est cependant très inégale : 18 dans le Rhône, 10 dans la Drôme et seulement 1 dans l'Ain.
 
Pour compenser ces inégalités, il faut signaler une forme originale de mutualisation du traitement des archives : les postes d'archiviste itinérant, ou archiviste intercommunal. Ces archivistes sont recrutés soit par le Centre départemental de gestion de la fonction publique territoriale, soit par le service d'archives départementales, soit par un regroupement de communes, et mis à disposition des communes. C'est le cas notamment en Ardèche, Drôme et Haute-Savoie.

En matière d'archives, la DRAC met en oeuvre les grandes orientations prises par la Direction des Archives de France : aide à la construction de bâtiments d'archives départementales et municipales ; aide à l'inventaire, la restauration, la numérisation et la valorisation des fonds d'archives.

En termes de bâtiments, les réalisations récentes les plus remarquables dans ce domaine sont : les archives départementales de Haute-Savoie, les archives municipales de Lyon, les archives départementales de l'Isère.

L'Etat contribue indifféremment à des projets émanant de collectivités locales ou d'associations, sous réserve de la présence de personnel qualifié garantissant la qualité scientifique du projet.

Parmi les projets soutenus en matière de restauration, de numérisation et de valorisation, on peut notamment citer : l'inventaire et la numérisation des archives familiales des Sassenage, en Isère ; l'inventaire des fonds audiovisuels et sonores de l'association Mémoire de la Drôme ; la restauration de chartes à Montélimar, du cadastre napoléonien à Grenoble, de livres anciens à Brié-et-Angonne, des Noëls de Bessans ; une exposition itinérante dans les communes du Rhône, sur les marchés d'autrefois ; une exposition sur l'administration communale à Saint-Etienne.