Le service régional de l'archéologie (SRA) a pour missions le recensement du patrimoine archéologique et sa protection, le contrôle scientifique et technique de la recherche et la promotion des résultats scientifiques. Il apporte enfin toute aide et conseil en cas de découverte mobilière et immobilière intéressant l'archéologie. Ses missions sont ainsi en grande partie définies au regard du code du Patrimoine.

Avec la mise à jour de la carte archéologique informatisée et géo-référencée, il assure la prise en compte de la protection du patrimoine dans les documents d'urbanisme, sous forme de cartes d'information ou de zonages archéologiques. Il renseigne les communes sur la présence de sites archéologiques, par exemple avec le porter à connaissance. Il instruit les dossiers d'aménagement des sols au regard du code de l'urbanisme et du code de l'environnement, lorsque ces derniers sont susceptibles de concerner des vestiges enfouis ou hors sol.

En matière d'archéologie préventive, le service motive les décisions qui peuvent donner lieu à des prescriptions de diagnostic, de fouilles, de conservation ou de modifications techniques apportées au projet de construction en cours. Il conduit l'examen des rapports de diagnostic et rédige les cahiers des charges scientifiques après avoir requis l'avis de la commission interrégionale de la recherche archéologique (CIRA) pour les prescriptions de fouilles.

En matière d'archéologie programmée, il dresse le bilan des recherches archéologiques, instruit la programmation scientifique de la recherche en collaboration avec les chercheurs des organismes de recherche (CNRS, université, collectivités) et les bénévoles. Il instruit les demandes de subventions relatives à la recherche archéologique.

A l'issue des opérations de fouilles ou après des découvertes fortuites, il est chargé de veiller à la conservation des vestiges placés dans les dépôts de fouilles départementaux existants et de régler la propriété des collections après études.

Le service veille également à la diffusion des résultats des fouilles entreprises dans la région par le biais de l'édition du bilan scientifique régional annuel et du soutien à la rédaction et l'édition d'articles et d'ouvrages monographiques ou de synthèse. Il participe aussi aux actions de médiation culturelle en soutenant les projets d'expositions et la rédaction d'ouvrages.