Ce dispositif unique en Europe a été créé en 1994 suivant les préconisations de Marc Gauthier, inspecteur général (directeur des antiquités de Provence de 1984 à 1986) ; les commissions interrégionales de la recherche archéologique (CIRA) deviennent en 2016 les Commissions territoriales de la recherche archéologique (CTRA).

En 2023, les CTRA ont rendu des avis pour près de 2 000 dossiers (projets de fouilles préventives, fouilles programmées, Projets collectifs de recherche, colloques, expositions, publications…).

La CTRA Sud-Est regroupe les régions Corse, Auvergne-Rhône-Alpes, Provence-Alpes-Côte d’Azur, et le littoral maritime. Elle est présidée par le Préfet de la région Provence-Alpes-Côte d’Azur et son secrétariat scientifique et administratif est assuré par la DRAC PACA/Service Régional de l'Archéologie.  
Les réunions, entre 8 et 9 par an, se tiennent en région Provence-Alpes-Côte d’Azur à l’exception de deux en région Auvergne-Rhône-Alpes et une en Corse.

Outre les dix experts désignés pour quatre ans renouvelable une fois dont deux représentent la commission au conseil national de la recherche archéologique (CNRA), assistent aux sessions de la commission, les conservateurs régionaux, le directeur du Département des recherches archéologiques subaquatiques et sous-marines (DRASSM) et un inspecteur des patrimoines.
Un règlement intérieur fixe les règles de fonctionnement de la commission ; un procès-verbal est rédigé au terme de chaque session.

Les deux premières réunions de la commission sont consacrées en priorité à l’examen des dossiers de la programmation sachant que cette interrégion reste pour le territoire national la première en nombre d’opérations autorisées présentées par des équipes en majorité pluridisciplinaires et pluri-institutionnelles.

En 2022, 378 dossiers ont été examinés et 471 en 2023.