自2012年以来，DRAC Auvergne-Ju á Rhône Alpes一直在里昂圣让祭司的内部进行重大修复工作
根据历史古迹首席建筑师的建筑和技术项目的规定，计划分五个部分修复大楼内部。
它首先修复了apse，唱诗班和东部教堂(2013年完成)，然后继续修复了中部和通道的第一个海湾。 继续穿过纳夫和巴斯两侧的三个海湾，并以侧教堂的修复结束。
墙壁和拱顶被黑化，难以阅读，逐渐恢复其光彩，其标志是一个往往很旧，不再可见的聚合铬合金。
恢复圣让-巴普蒂斯特大教堂的内部而不暂停其运作是一个限制因素，增加了实际恢复和管理这一项目的困难。
从1936年开始，在过去的一场关于建筑内部高地的重大工作中，有必要进行新的修饰，以清除多年积累的，逐渐褪色建筑石头的铬化作用的污垢。
这种修复还使人们能够重新发现彩色玻璃，大理石和石灰石之间的光和色彩的微妙影响。
修复内部高地解决了若干实质性问题。
»和唱诗班的海拔由Fourvière ö hill古罗马纪念碑石块上的大理石三叉形地面«í chin构成，其清洁和表面处理(抛光)可对特定方法做出响应。
拱形的三叉形建筑由卢塞奈的传统石灰石组成。 为确保工作面的连续性，已对大理石石进行了清洁和表面处理。
清洁墙面也是一个机会找到4层的scagliola微风. 这个吊架共有87个克拉维奥。 清理吊架需要非常专业的团队，用棉签进行除尘工作，用水刷进行，用纱布进行预整。 然后清除不粘的抹布，清洁大理石，整合和重新融合染色砂浆，抛光和抛光元素。
对吹塑件，在重新修整了保险库的涂层后，使用了一个协调刷。
新的照明突出了建筑的特色
在这项工作的同时，钴公司设计了一个照明项目，该项目实现了两个目标：突出重建的建筑和纪念碑，并带来环境光。 光源是不可见的，所使用的LED技术将减少75%的电力消耗。
当代彩色玻璃窗的建造
这一工作阶段的另一个重要方案是建立新的彩色玻璃窗。 2013年7月，区域文化事务局发起了一项竞赛，提名了一个由三名艺术家组成的小组，让·莫雷， Dominique Fleury和Gilles Rousvoal与Duchemin车间(巴黎)合作，设计和实现了北部和南部的6个高和2个低海湾。
已完成工作的总成本
大教堂内部修复项目：唱诗班和转唱班(2012-2015年)：640万€
修复工作将从2017年开始继续进行，涉及到nave，费用为4100欧元万。 历史古迹的首席建筑师François Botton将接管该项目。
大教堂内部修复的总费用(不包括小教堂，家具和管风琴)为1050万€
Rhône份额(文化和通讯部- DRAC Auvergne-Alpes): 450万€
里昂Rhône和大都市的省理事会份额：600万€
就职典礼
应奥弗涅- Rhône -阿尔卑斯地区省长Michel Delpuech，Rhône á n省总裁Christophe Guilloteau，里昂大都市总裁热拉尔·科洛姆布和里昂大主教菲利普·巴林红衣主教的邀请，此修复阶段的落成典礼于2016年2月6日举行。
