Avec Marie-Claire Alain disparaît une immense virtuose de l'orgue, dont elle fut l'ambassadrice infatigable pendant soixante-quinze ans. Débutant à l'orgue de Saint-Germain en Laye à l'âge de onze ans, dont elle a été longtemps titulaire, sa carrière phénoménale l'a conduite à travers le monde, jusqu'à être surnommée « first lady », Première Dame de l'Orgue aux États-Unis.
A travers une discographie monumentale (plus de 250 enregistrements dont plusieurs disques d'or) comme dans son travail de pédagogue, elle a fait connaître et aimer la richesse de cet instrument de grâce et de majesté. Chargée du cycle pour organiste au Conservatoire de Paris, après celui de Rueil-Malmaison, enseignant dans de nombreuses académies de par le monde, elle a formé des générations entières d'organistes.
Elle restera comme la grande muse de l'orgue, qui veillait à tout : aux problèmes de l'interprétation comme à ceux de la facture d'orgue. En héritière d'une tradition qui remonte à Bach en embrassant Couperin, Händel, César Franck et jusqu'à son frère aîné, le compositeur Jehan Alain.