Dans le périmètre d'un site patrimonial remarquable, sont soumis à une autorisation préalable les travaux susceptibles de modifier :

• l'état des parties extérieures des immeubles bâtis ;
• l'état des immeubles non bâtis (cour ou jardin par exemple) ;
• les éléments d'architecture et de décoration.

Dès la mise à l'étude d'un plan de sauvegarde et de mise en valeur, les travaux susceptibles de modifier l'état des parties intérieures du bâti sont également soumis à une autorisation préalable.

Ces autorisations préalables sont soumises à l'accord de l'architecte des bâtiments de France (ABF).

Dans le cadre de l'instruction des demandes d'autorisation de travaux, l’ABF s’assure du respect du patrimoine, de l’architecture, du paysage naturel ou urbain, de la qualité des constructions et de leur insertion harmonieuse dans le milieu environnant ainsi que du respect des règles du plan de gestion applicable au site patrimonial remarquable.

Les travaux dans les sites patrimoniaux remarquables et les travaux en abords de monuments historiques relèvent du même régime d'autorisation de travaux.

Les procédures et délais d'instruction des autorisations de travaux ont été harmonisés par la loi du 7 juillet 2016 relative à la liberté de la création, à l'architecture et au patrimoine.

Toute demande d'autorisation de travaux doit être déposée à la mairie de la commune où sont projetés les travaux. 
Les délais maximums d'instruction des dossiers de demande d'autorisation de travaux sont de :

• deux mois pour les déclarations préalables ;
• trois mois pour les permis de démolir et les permis de construire pour une maison individuelle ;
• quatre mois pour les autres permis de construire et les permis d'aménager.

Le délai à disposition de l'ABF pour donner son accord est d'un mois pour les déclarations préalables et deux mois pour tous les permis.
L'accord de l'ABF peut être assorti de prescriptions afin que le projet ne porte pas atteinte à la conservation ou à la mise en valeur du site patrimonial remarquable.
À défaut d'accord de l'ABF, la demande d'autorisation de travaux ne peut être accordée.
Un recours contre le refus de l'ABF peut être exercé par les demandeurs ou l'autorité compétente chargée de délivrer l'autorisation de travaux (commune ou intercommunalité généralement).

Si l'architecte des bâtiments de France participe à l'instruction des demandes d'autorisation de travaux, il tient également un rôle prépondérant en amont de la réalisation des projets. Il peut être à ce titre consulté sur un avant-projet et formuler des observations qui permettront aux demandeurs d'adapter leur projet en fonction des enjeux patrimoniaux.