D’abord créée sous forme de groupement d’intérêt public par le décret n° 2004-1549 du 30 décembre 2004, puis confiée à un établissement public par le décret n° 2006-1388 du 16 novembre 2006, la Cité nationale de l’histoire de l’immigration s’installe dans le Palais de la Porte dorée, réaménagé par Patrick Bouchain, à la place du musée des arts africains et océaniens dont les collections ont été transférées au musée du Quai Branly. Lancée par Lionel Jospin en 2001, qui constitue une mission sur le sujet, l’idée est reprise par Jacques Chirac pendant la campagne présidentielle de 2002, la Cité a pour mission de « rassembler, sauvegarder, mettre en valeur et rendre accessibles les éléments relatifs à l'histoire de l'immigration en France, notamment depuis le XIXe siècle ; contribuer ainsi à la reconnaissance des parcours d'intégration des populations immigrées dans la société française et faire évoluer les regards et les mentalités sur l'immigration en France ». Si son exposition permanente « Repères » est ouverte au public dès le 10 octobre 2007, il n’est inauguré officiellement qu’en 2014, par le président François Hollande. Réunie avec l’aquarium de la Porte Dorée depuis 2012 au sein de l’« Établissement public du Palais de la Porte Dorée », la Cité soumet son programme scientifique et culturel à un conseil d’orientation présidé par Jacques Toubon entre 2007 et 2014, et depuis cette date par l’historien Benjamin Stora.