Un musée national se décentralise. Le Mucem, qui ouvrira ses portes au public vendredi 7 juin, a hérité des collections du Musée des arts et traditions populaires (ATP), fermé depuis 2005, après avoir été installé au Bois de Boulogne en 1937. A ces collections s'ajoutent de nombreux objets en provenance du musée de l'Homme, sans compter plus de 20 000 pièces acquises tout particulièrement pour le nouveau musée.
Le directeur des ATP est lui-même le premier à avoir suggéré un transfert de ses collections en région, pour les installer dans un musée plus largement ouvert sur l’Europe et la Méditerranée, un musée pluridisciplinaire, qui sollicite aussi bien l’anthropologie, la sociologie, l’histoire, l’esthétique…
 
La première pierre du Mucem a été posée le 30 novembre 2009. La rénovation du Fort Saint-Jean et la construction du Mucem ont été confié à l'architecte Rudy Ricciotti. Le 24 janvier 2012 avait été inaugurée la passerelle de 100 mètres qui relie le Fort au musée.
Le bâtiment principal, entouré d’une de ces résilles de béton chères à Rudy Ricciotti, est partagé à l’intérieur en deux plateaux. Le premier accueillera une "galerie de la Méditerranée", dont l’accrochage sera renouvelé tous les trois ans, tandis que l’autre sera réservé aux expositions temporaires.
Le coût des travaux s'élève à 191 millions d'euros, dont 113,4 pour le bâtiment principal et sa muséographie (133 millions versés par l'Etat, 58 par les collectivités locales). L'Etat prendra en charge les frais de fonctionnement.