Le partenariat entre les fédérations d'éducation populaire et le ministère de la Culture et de la Communication est relativement récent.

L'éducation populaire porte en elle toute l'histoire sociale et culturelle de la fin du 19éme et du 20ème siècles. Son histoire (archives du Pajep) et celle de la laïcité sont intimement liées. la Loi 1905, dans sa visée d'émancipation de la société, a permis l'essor de l'éducation populaire, enjeu laïque et politique.

Dès la seconde partie du 19ème siècle, Il s’est agi de permettre au peuple d’accéder aux savoirs, pour devenir pleinement un acteur politique dans le cadre de la construction de la République. Dès1866, le Ligue de l’Enseignement se développe sur tout le territoire avec une orientation démocratique.

En 1936 , lors du Front populaire, avec l’appui de Léo Lagrange, sous secrétaire d’état à l’organisation des loisirs et des sports, l’éducation populaire se développe avec les auberges de jeunesse, le théâtre, le cinéma et même l’aviation populaire. Et prône déjà la cohésion sociale. De même des foyers paysans se mettent en place dans la France rurale donnant naissance en 1946 à la Fédération nationale des foyers ruraux.
Le mouvement ouvrier français s’implique en mettant en place des universités populaires. Et, après la guerre de 40, la culture trouvera sa place au sein de l'entreprise.
Dans la résistance, des hommes et des femmes venus de divers milieux pensent à l'éducation populaire d'une France libérée. L'énergie de ces résistants, face à la force d'apprendre, mène ces hommes à créer, en 1943, Peuple et culture.
D'autres fédérations seront issues de ces mouvements de ferveur militante, de transmission des savoirs et d'accès à la culture pour tous. Ainsi des mouvements de jeunesse, certains mouvements de résistance et certains syndicats (la CGT et la Confédération générale des agriculteurs) se regroupent, et créent la République des Jeunes, véritable préfiguration de la Fédération des maisons des jeunes et de la culture.

En 1945 sort le manifeste de Peuple et Culture : "Ouvriers, syndicalistes, ingénieurs, officiers, professeurs, artistes, nous nous efforcerons de poser suivant les réalités de l’époque, les bases d’une véritable éducation des masses et des élites... La culture populaire ne saurait être qu’une culture commune à tout un peuple. Elle n’est pas à distribuer. Il faut la vivre ensemble pour la créer." Joffre Dumazedier, un de ses fondateurs, pose la notion de « développement culturel » pour répondre à celle de « développement économique ».
Parce qu'elles sont les seules à proposer une offre de loisirs, en dehors de l'école, dès la Libération, l'État crée au sein du ministère de l'Éducation nationale une direction de la culture populaire et des mouvements de jeunesse. L'objectif est de montrer que « l'éducation déborde du cadre scolaire et qu'un large secteur d'activité est ouvert à l'éducateur après l'école et autour de l'école, dans les associations culturelles et les mouvements de jeunesse. C'est enfin de faire connaître à tous, citadins ou ruraux, les moyens dont ils peuvent disposer pour donner plus de champ à leur expérience, plus de plénitude à leur vie ».

Le ministère de la culture, quant à lui, sera fondé en 1959. Il faudra attendre 1999 pour que soit installé le conseil Culture-Éducation populaire et , signée une charte d'objectifs entre le ministère de la Culture et de la Communication et plusieurs fédérations d'éducation populaire. Cette charte reconnaît enfin le rôle de l'éducation populaire dans le domaine de la culture, de ses pratiques et de sa diffusion. Elle veut stimuler des formations, des expériences et des réalisations communes et renforcer la professionnalisation des intervenants culturels.

Les objectifs fixés dans le cadre des nouvelles conventions 2012-2014, signées entre le ministère et onze fédérations, doivent servir de support à de nouvelles formes de productions entre la société et la culture.