L’organisation du réseau des musées de France repose sur deux éléments principaux.

Le premier est de nature administrative. Les trois catégories principales sont : l’Etat, les collectivités territoriales et les personnes morales de droit privé [lien vers la page Musées de France]. Le mode de gestion adopté détermine le degré d’autonomie de l’institution.

Le second est la nature des collections. Les musées étant aussi, et surtout, des institutions scientifiques, leurs responsables sont amenés à travailler en réseau. Le partage d’informations entre pairs est en effet indispensable pour faire progresser la connaissance.

Le service des musées de France exerce sur une tutelle administrative scientifique et technique sur les musées nationaux et un contrôle scientifique et technique sur les musées des collectivités territoriales et les fondations reconnues d'utilité publique à objectif patrimonial et culturel.

Les directions régionales des affaires culturelles (DRAC) sont chargées de mettre en œuvre la politique nationale en matière de musées : instruction des demandes d’appellation musées de France, des dossiers de retrait de l’appellation, des projets de rénovation ou de construction de musées, etc.