Les opérations programmées, terrestres, sous-marines ou subaquatiques, sont fondamentalement motivées par des objectifs de recherche scientifique.

Ces opérations :
> sont soumises au contrôle de l'État via une autorisation préfectorale ou ministérielle délivrée après avis de l'instance scientifique compétente ;
> sont réalisées par des chercheurs professionnels ou bénévoles, autorisés en fonction de leurs compétences ;
> sont conduites sous la surveillance d'un personnel scientifique du ministère de la Culture et de la Communication.

Sous certaines conditions, l'État peut, également, procéder d'office à l’exécution d’opérations archéologiques sur les terrains ne lui appartenant pas.

Le financement
Ces opérations bénéficient du soutien financier de l'État au moyen de subventions. Certaines d’entre elles sont également soutenues par des crédits extérieurs, mobilisés par exemple dans le cadre des contrats de projets État-Région ou des programmes européens.

Les demandes de financement sont instruites par les directions régionales des affaires culturelles (DRAC) et les crédits sont attribués après évaluation de la qualité scientifique du projet.