La recherche est soumise à une double évaluation scientifique, celle du Service Régional de l'Archéologie et celle de la Commission Territoriale de la Recherche Archéologique (CTRA - ex CIRA)).
Deux modes de recherche : l'archéologie préventive et l'archéologie programmée.
- L’archéologie préventive assure la sauvegarde du patrimoine archéologique menacé par des travaux d’aménagement. Le service archéologique de la DAC, sous l'autorité du préfet de la Guyane, prescrit les mesures visant à la détection, à la conservation et à la sauvegarde de ce patrimoine par l’étude scientifique. Il assure les missions de contrôle et d’évaluation de ces opérations et veille à la diffusion des résultats obtenus. Les opérations de diagnostic archéologiques sont prises en charge par l’État via la perception de la redevance archéologique préventive (RAP). En Guyane, l'Institut National de Recherches Archéologiques Préventives (INRAP), dans le cadre de sa mission de service public, assure la réalisation des diagnostics prescrits par la DAC .
Les fouilles sont financées par les aménageurs et réalisées par des organismes publics ou privés agréés à cet effet. L’aménageur garde la possibilité de modifier son projet afin d’assurer la conservation des vestiges du site. Dans le cas où la destruction des vestiges ne peut être évitée, l’ensemble du site devra être fouillé et étudié afin d'assurer la constitution d'une documentation scientifique.
- L’archéologie programmée est motivée par des objectifs de recherche scientifique indépendants de toute menace pesant sur des vestiges archéologiques. Les fouilles programmées peuvent bénéficier d’aides financières du ministère chargé de la Culture. Elles sont réalisées soit par ses agents, soit par des archéologues relevant d’autres institutions (universités, CNRS, collectivités territoriales…), associatifs ou indépendants.