La sous-direction des affaires financières et générales exerce une mission de coordination du fonctionnement de la direction générale et assure la gestion des moyens humains, logistiques et budgétaires affectés à la direction générale, en liaison avec le secrétariat général ; elle apporte l'expertise administrative dans les domaines de compétence de la direction générale.
En liaison avec l'ensemble des services et des départements de la direction générale, les responsables de programmes et le secrétariat général, elle assure l'évaluation des besoins et la programmation des moyens budgétaires et humains relevant de cette direction générale. Elle prépare le budget et, notamment, la répartition des crédits et des effectifs entre l'administration centrale, les services déconcentrés, les services à compétence nationale et les opérateurs relevant du domaine de compétence de la direction générale. Elle prépare également la répartition des agents mis à disposition des services départementaux d'archives.