En application de la loi organique relative aux lois de finances (LOLF) n° 2001-692 du 1er août 2001, le budget du ministère est structuré en « missions » et « programmes ». La mission « culture » regroupe trois programmes : patrimoines, création, transmission des savoirs et démocratisation culturelle (qui retrace aussi les dépenses de fonctionnement courant). La mission « médias », initialement réservée à la presse et à l’audiovisuel, sera complétée à partir du budget 2011 par un programme « livre et industries culturelles », en conséquence de la réforme de l’administration centrale intervenue en 2010. Un programme « recherche culturelle et culture scientifique » est géré par le ministère au sein d’une mission « enseignement supérieur et recherche », pilotée par le ministère chargé de l’Enseignement supérieur et de la Recherche. Les « responsables de programme » désignés dès 2003 parmi les directeurs du ministère de l’époque ont de facto préfiguré les directeurs généraux de la réforme de 2009.