Jusque-là fondée sur une interprétation audacieuse, pour ne pas dire plus, de la loi du 27 septembre 1941 sur la réglementation des fouilles archéologiques, l’archéologie préventive est juridiquement sécurisée par la loi n° 2001-44 du 17 janvier 2001 qui en fixe le régime et l’objet : assurer, dans les meilleurs délais, la détection, la conservation ou la sauvegarde par l’étude scientifique des éléments du patrimoine archéologique national affectés ou pouvant être affectés par les travaux publics ou privés concourant à l’aménagement. Aujourd’hui codifié aux articles L541-1 à 13 du Code du patrimoine, le dispositif s’efforce de concilier les "exigences respectives de la recherche scientifique, de la conservation du patrimoine et du développement économique et social", équilibre difficile à trouver et plusieurs fois modifié depuis. La loi de 2001 affirme le rôle central de l'État en matière de prescription, de contrôle et d'évaluation scientifiques, met à la charge des aménageurs une redevance destinée à financer les diagnostics et les fouilles d'archéologie préventive, et crée un établissement public administratif, l'Institut national de recherches archéologiques et préventives (INRAP), qui remplace l’AFAN. Initialement destiné à mener l’ensemble des opérations d’archéologie préventive, l’INRAP est désormais en concurrence avec d’autres opérateurs privés et publics habilités à mener ce type de fouilles.