Au sud de l’église, les bâtiments monastiques construits autour de trois cloîtres à étage - cas exceptionnel -, se distinguent par leur beauté et leur ampleur qui témoignent d’une fondation vraiment princière. Les deux premiers cloîtres au style gothique noble et imposant contrastent avec le troisième cloître destiné aux communs, au style bressan simple et chaleureux. Ils bordent d’amples salles voûtées d’ogive; à l’étage, un long couloir dessert les cellules.

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Brou : le premier cloître (cl. Musée de Brou) Le premier cloître, à l’architecture gothique, est entouré au rez-de-chaussée de quatre galeries voûtées d’ogives, que surmontent des galeries ouvertes sur deux côtés et des bâtiments fermés sur les deux autres côtés; au centre du jardin se trouve un puits. Bordé à l’ouest par le porche d’entrée et le "bâtiment des hôtes", il donne accès au portail sud de l’église. Il permettait la transition entre le monde extérieur et celui des moines.

Brou : le deuxième cloître, ou grand cloître (cl. Musée de Brou) Le vaste quadrilatère du deuxième cloître, à la majestueuse ordonnance, est entouré de galeries voûtées surmontées de galeries hautes plafonnées à la française sur deux côtés. Il était destiné à la déambulation des moines. Comme le premier cloître, il est d’un style gothique très noble, avec ses arcades et ses voûtes d’ogive, et les hauts toits pentus couverts de tuiles plates qui couvrent les bâtiments construits autour.

Brou : le troisième cloître, ou cloître des communs (cl. Musée de Brou) Le troisième cloître, réservé aux activités domestiques, fut décidé en cours de travaux à la demande des moines. De style bressan, avec ses arcs en plein cintre et ses toits en pente douce couverts de tuiles creuses, il desservait au sud la cuisine et le chauffoir, à l’est la salle des fours et les magasins à provision. Pavé de galets, il a un puits couvert d’un toit en pavillon.

Brou : le grand couloir des cellules, à l’étage (cl. Musée de Brou) A l’étage du bâtiment principal, le long des deux premiers cloîtres, un large couloir plafonné à la française, long de 70 m, desservait les cellules des moines. L’ampleur de ce vaste espace vide, calme et silencieux, symbolise bien la volonté de grandeur qui a présidé à l’édification de Brou. Aujourd’hui les cellules abritent les collections de peinture ancienne et contemporaine du Musée de Brou.