En 1769, François-Henry Clicquot effectua quelques travaux.

En 1795, le citoyen Molard, responsable d'une enquête sur les orgues de Paris, jugea l'instrument en assez bon état et prit des dispositions pour le préserver. Il fut néanmoins pillé par les soldats de Bonaparte qui enlevèrent un grand nombre de tuyaux pour les fondre.

En 1802, l'orgue était injouable. Le facteur Pierre Dallery, ancien associé de François-Henry Clicquot, établit le procès-verbal des dégâts : il ne restait plus que 1367 tuyaux sur les 2795 que comptait l'instrument. Pierre Dallery porta le nombre des claviers à cinq.

En 1839, Aristide Cavaillé-Coll fut appelé pour restaurer l'instrument et le mettre au goût du jour tout en conservant une grande partie du matériel ancien qu'il transforma. Le travail fournit l'occasion au facteur de dresser un argumentaire en faveur des améliorations qu'il proposait. Le texte qui nous est parvenu illustre au mieux l'esprit de recherche qui animait le plus grand facteur d'orgues de cette époque.

En 1858 et 1881, Aristide Cavaillé-Coll intervint à nouveau puis Charles Mutin en 1901.

En 1991, l'orgue fut démonté par Jean Renaud pour être restauré dans l'esprit de l'orgue de 1858 ; l'harmonisation fut réalisée par Jean-Pierre Swiderski.

Le buffet de style Louis XV , " sculpté dans la masse à grands coups d'herminette, selon les méthodes et la pratique des sculpteurs qui travaillaient à l'ornementation des vaisseaux de l'Etat et formaient une véritable corporation de spécialistes de la grande décoration... " (le nom de l'ébéniste nous demeure inconnu) compte parmi les plus belles ébénisteries du XVIIIe siècle, reposant sur une élégante tribune décorée d'anges musiciens par Claude Francin, dans un mouvement majestueux qui mêle le bois à la pierre et joue avec elle !