Sa mission est de recenser, d'étudier et de faire connaître toute œuvre existante ou ayant existé dont l'intérêt artistique, archéologique ou historique lui donne vocation à figurer parmi le patrimoine national.
Il procède à la fois à des enquêtes topographiques, menées sur des aires d'études programmées, en général des cantons ou des secteurs urbains, et à des enquêtes thématiques portant sur des domaines particuliers, le patrimoine industriel par exemple. Les premières ont pour but d'examiner un à un chaque élément du bâti de la zone recensée aux fins d'enregistrer sur eux des informations homogènes, puis d'en retenir les exemplaires les plus exceptionnels, mais aussi les plus représentatifs, dont l'étude est approfondie. Parallèlement sont étudiées les œuvres mobilières appartenant aux collections publiques non gardées.
Depuis 1964, l'Inventaire général a ainsi étudié quelque 190 000 édifices et 170 000 objets dans plus de 500 aires d'études, sur lesquelles a été rassemblée une documentation figurée de plus de 17 000 cartes, 45 000 relevés, dont 4 500 obtenus par photogrammétrie, et 2 800 000 photographies. Les résultats de ces enquêtes sont consignés dans des dossiers contenant l'histoire et la description des œuvres étudiées, sous une forme à la fois textuelle et figurée. La consultation de ces dossiers est facilitée par l'indexation de leur texte et de leur illustration sur les bases de données Mérimée (architecture), Palissy (objets) et Mémoire (illustration). La base Mérimée, accessible par minitel (36 15 Joconde), l'est également, ainsi que la base Mémoire, sur l'Internet. Les travaux menés conjointement par l'INRIA et le ministère de la Culture et de la Communication devraient prochainement permettre la consultation des dossiers eux-mêmes, y compris leur illustration, sur l'Internet. D'ores et déjà, le fruit des enquêtes de l'Inventaire général est consultable dans les centres de documentation du Patrimoine des différentes directions régionales des Affaires culturelles.