La création de ce ministère est confiée à André Malraux. De 1959 à 1969, ce dernier fut -au sein de tous les gouvernements nommés par le Général de Gaulle- "ministre d'Etat, chargé des Affaires culturelles", premier dans l'ordre protocolaire des gouvernements considérés .

Les attributions de Malraux sont liées à un transfert arrêté par le décret du 3 février 1959.
De l'Education nationale sont issues la Direction Générale des Arts et Lettres, la Direction de l'Architecture et la Direction des Archives de France.
Malraux se voit également attribuer les services chargés des activités culturelles du Haut-Commissariat à la Jeunesse et aux Sports. Enfin, le ministère de l'Industrie et du Commerce transfère le Centre National de la Cinématographie (CNC).
L'autre étape majeure est la création d'un service puis d'une direction de l'administration générale en 1961 qui doit gérer les agents de l'administration centrale ainsi que les 3500 agents des services extérieurs. Cette direction de l'administration générale (DAG) garantit de fait l'autonomie du ministère et sa pérennité.

Peu à peu l'organigramme s'étoffe, réponse administrative à la volonté politique. Les nouvelles structures se développent surtout à partir de l'ancienne direction générale des Arts et Lettres. En décembre 1961 par exemple, la sous-direction du Spectacle et de la musique devient la direction du Théâtre, de la musique et des spectacles. En 1969, six directions et une inspection générale, plus les Fouilles et l'Inventaire rattachés au Cabinet, matérialisent cette croissance administrative.
L'organisation de l'administration centrale est complétée par la mise en place de comité régionaux des affaires culturelles (1963), de conseillers régionaux à la création artistique (1965), et des trois premiers Directeurs régionaux des Affaires culturelles (1969), réformes qui amorcent la déconcentration du ministère.

... à son développement

De 1969 à 1981, la dénomination de la structure ministérielle a changé à plusieurs reprises.
L'appellation fondatrice de ministère des Affaires culturelles se mue en ministère des Affaires culturelles et de l'Environnement en mars 1974. Dès le mois de juin suivant, la structure s'affaiblit incontestablement en devenant Secrétariat d'Etat à la Culture. Par-là même, la Ve République giscardienne confirme la place modeste qu'elle souhaite attribuer à la politique culturelle. En février 1977, l'appellation ministère de la Culture et de l'Environnement s'impose avant de se transformer de nouveau, en mars 1981, en ministère de la Culture et de la Communication.
Ces multiples fluctuations témoignent pour une part de l'incertitude à formuler clairement les attributions qui relèvent de l'intervention de l'Etat dans les domaines artistiques et culturels.

L'organigramme de l'administration centrale enregistre aussi de profondes modifications. Avant même le départ de Malraux, en mars 1969, la suppression de la Direction générale des Arts et Lettres suscite une recomposition d'envergure. La création d'une Direction de l'Action culturelle et le regroupement des spectacles vivants au sein d'une Direction des spectacles, de la musique et des lettres matérialisent les principaux changements. En 1970, la musique obtient enfin son autonomie sous la forme d'une Direction de la Musique, de l'Art lyrique et de la Danse. Cette nouvelle configuration sert de socle administratif sur l'ensemble de la période considérée.

Deux changements sont cependant à signaler.

En 1975, la création de la Direction du Livre, à partir de services précédemment rattachés à quatre ministères, conduit à une première réorganisation. Le transfert demeure cependant incomplet puisqu'il ne touche ni la Bibliothèque nationale, ni les bibliothèques scolaires et universitaires. L'éclatement de l'ancienne Direction des bibliothèques est alors vécu comme un démantèlement par une profession fortement structurée. Dix ans après les conclusions du rapport sur la lecture publique - rapport commandé par le Premier ministre Georges Pompidou à la suite du comité interministériel de 1966 - qui soulignait avec force les carences de la situation française, la philosophie qui cimente l'identité même des professionnels connaît un infléchissement sensible : la lecture publique quitte le registre de l'action éducative pour celui de l'action culturelle, alors même que l'Etat se désengage financièrement.

De plus, en 1978, les attributions de la Direction de l'architecture sont transférées au ministère de l'Environnement et du Cadre de la vie. La sous-direction des monuments historiques et des Palais nationaux demeure cependant sous la tutelle de la culture et forme, avec le département d'Archéologie, une nouvelle Direction du Patrimoine à partir d'octobre 1978. Cette autonomisation est confortée par un élargissement de la notion de patrimoine : construite à l'origine pour les seuls Monuments historiques, cette Direction du Patrimoine intègre, à partir de 1980, une division du Patrimoine mobilier, une Mission du Patrimoine ethnologique et une Mission du Patrimoine photographique.